O Sistema Diretivo do SINPOJUD é composto pelo Congresso da Categoria que ocorre a cada três anos; a Assembleia Geral , onde são discutidas e deliberadas as questões dos servidores; o Conselho de Representantes Sindicais , que reúnem os Delegados Sindicais eleitos pelas regionais espalhadas por todo estado; a Diretoria Executiva, que cuida da administração e cumpre as deliberações da Assembleia Geral e Conselho de Representantes; e o Conselho Fiscal , que exerce a fiscalização da aplicação dos recursos da entidade.